Dopo essersi laureato in architettura, insegna nella provincia di Firenze e per questo si stabilisce a Scandicci. Successivamente si dedica al mondo dei fumetti debuttando con il personaggio che lo ha reso famoso, Bobo – per molti somigliante ad Umberto Eco, invece dichiaratamente ispirato a se stesso – che pubblica per la prima volta nel 1979 sulla rivista Linus diretta da Oreste del Buono. Nel 1986 fonda e dirige il settimanale satirico Tango, su cui compaiono alcune delle più importanti firme della satira del periodo, da Gino e Michele a David Riondino, da Michele Serra a Lorenzo Beccati, da Francesco Tullio Altan a Ellekappa, da Daniele Panebarco ad Andrea Pazienza, oltre ad ospiti d’eccezione come Francesco Guccini. Nel 1987, forte del successo ottenuto dalla versione cartacea del settimanale, Staino porta su Rai Tre Teletango. Sergio Staino si cimenta inoltre anche con la regia e la sceneggiatura, prima con il film Cavalli si nasce, interpretato da Paolo Hendel e David Riondino, e poi con Non chiamarmi Omar, sviluppato a partire da un racconto di Altan e realizzato con un notevole cast (Gastone Moschin, Stefania Sandrelli e Ornella Muti). Nel 2007 realizza M, “periodico di filosofia da ridere e politica da piangere”, in edicola ogni lunedì come supplemento a l’Unità, continuando le sue collaborazioni anche con televisione, cinema e teatro. L’8 settembre 2016 viene annunciata la sua nomina a Direttore de L’Unità.